Über die strategische Ausrichtung der Forschungsstiftung sowie die Mittelvergabe entscheidet ein vom Universitätsspital unabhängiger Stiftungsrat. Er kann sich auf die Empfehlungen eines wissenschaftlichen Beirates abstützen, der über das erforderliche Fachwissen verfügt. Bei Bedarf kann der Stiftungsrat weitere Expertinnen und Experten beiziehen.
Der Stiftungsrat ist oberstes Organ der Stiftung und setzt sich zusammen aus Persönlichkeiten aus Wirtschaft, Forschung und Politik, welche der Region Basel, dem Universitätsspital und der Universität Basel verbunden sind. Er ist vom Verwaltungsrat des Universitätsspital Basel jeweils für eine Amtsdauer von vier Jahren gewählt.
Verwaltungsrätin der Theatergenossenschaft Basel, Stiftungsrätin des Zschokke-Haus der Studentenschaft Basel
Professor für Biochemie (Departemt Biomedizin, Universität Basel), Stiftungsratsmitglied Buss-Stiftung und Abisch-Frenkel-Stiftung, Mitglied im Wissenschaftlichen Beirat Dora-Seif-Krebsforschungspreis, Dr. Josef-Steiner-Stiftung, Finnische Akademie der Wissenschaften (Fachbereich Zellbiologie)
Vizepräsident der Scobag Privatbank AG, Verwaltungsrat der Mobiliar-Gruppe, Verwaltungsrat Universitätsspital Basel, Präsident Freunde der Baloise Session, Kassier der Statistisch-Volkswirtschaftlichen Gesellschaft Basel, Mitglied im Advisory Board der Hochschule für Wirtschaft FHNW sowie Stiftungsrat der Paul Sacher-Stiftung und der Stiftung Nachwuchs Campus Basel
Verwaltungsratspräsidentin der Schild Holding AG, Präsidentin frauenplus BL (Frauenzentrale), Vorstandsmitglied der Krebsliga beider Basel und der GGG

Prof. Dr. Dr. h.c. Marcel Tanner
Präsident seit 2018 (Stiftungsrat seit 2015)
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Ehemaliger Chair Epidemiologie und medizinische Parasitologie (Universität Basel), Präsident a.i. der Akademie der Wissenschaften Schweiz, Verwaltungsrat Universitätsspital Basel, Präsident R. Geigy Stiftung und Stiftungsratsmitglied Drugs for Neglected Diseases Initative (DNDi)
Direktorin der Gebert Rüf Stiftung, Stiftungsrätin des Schweizerischen Nationalfonds zur Förderung der wiss. Forschung und der Swiss Entrepreneurs Foundation, Vorstandsmitglied bei SwissFoundations und digitalswitzerland
Ehemalige Stiftungsratsmitglieder
Dr. Dr. h.c. Georg Krayer (2015 - 2018)
Prof. Dr. Edwin Constable (2015 - 2018)
Pierre Jaccoud (Präsident 2015 -2018)
Elisabeth Schneider-Schneiter (2015 - 2017)